Homolog organlar, farklı canlı türlerinde benzer işlevlere sahip organlar olarak tanımlanır. Evrim teorisi, bu organların ortak bir atadan türediğini öne sürer. Ancak, yarasa, kuş ve sinek gibi tamamen farklı canlı gruplarında bulunan kanat örneği, bu iddiayı çürütmektedir. Bu gruplar arasında herhangi bir evrimsel bağ kurulamazken, her birinde kanat gibi kompleks organların bulunması, bu organların bağımsız olarak ortaya çıktığını göstermektedir. Benzer bir durum, göz yapılarında da gözlemlenmektedir. İnsan ve ahtapot gibi farklı canlılarda benzer yapıya sahip gözlerin bulunması, evrimsel bir açıklamadan ziyade, belirli bir işlevi yerine getirmek için yaratılmış olduklarını düşündürmektedir. Ünlü evrimci Frank Salisbury, bu tür durumların modern evrim teorisi için ciddi bir problem oluşturduğunu ifade etmiştir. Homolog organların genetik temelinin farklı canlılarda birbirinden bağımsız genler tarafından kodlandığı, modern genetik çalışmalarla ortaya konmuştur. Örneğin, beş parmaklılık yapısına sahip olan tetrapodlarda (kara omurgalıları), bu yapıyı belirleyen genlerin farklı türlerde tamamen farklı olduğu anlaşılmıştır. Bu durum, ortak bir atadan türeme tezini zayıflatmaktadır. Michael Denton, Evolution: A Theory in Crisis adlı kitabında, "görünürde benzer olan yapıların farklı türlerde tamamen farklı genler tarafından belirlendiğini" ifade ederek, evrim teorisinin genetik temelinin çöktüğünü belirtmiştir. Bu da, evrimsel homolog organ argümanının bilimsel açıdan tutarsız olduğunu göstermektedir. Benzer organların embriyolojik gelişim süreçleri de evrim teorisine meydan okuyan bir başka olgudur. Eğer homolog organlar ortak bir atadan türemiş olsaydı, bu organların embriyolojik gelişim süreçlerinin de paralel olması beklenirdi. Ancak, yapılan araştırmalar, farklı canlılardaki benzer organların gelişim süreçlerinin tamamen farklı olduğunu ortaya koymuştur. Evrim teorisinin karşılaştığı bu açmazlar, canlıların homolog organlara sahip olmasının alternatif bir açıklamasını gündeme getirmiştir: "Ortak yaratılış." Bu yaklaşım, benzer organların, belirli bir işlevi yerine getirmek üzere bilinçli bir şekilde tasarlanmış olduğunu savunur. Carl Linnaeus ve Richard Owen gibi bilim insanları, evrim teorisi öncesinde bu açıklamayı dile getirmişlerdir. Modern bilimsel bulgular, "ortak ata" iddiasının yerine "ortak yaratılış" hipotezinin daha tutarlı bir açıklama sunduğunu göstermektedir. Evrim teorisinin, homolog organların varlığını ortak bir atadan türeme ile açıklama çabası, modern genetik ve embriyolojik bulgular karşısında ciddi açmazlarla karşı karşıyadır. Benzer yapılar, genetik ve gelişimsel süreçlerdeki farklılıklar nedeniyle, ortak bir atadan türeme iddiasını desteklememektedir. Bu durum, "ortak yaratılış" açıklamasının daha makul bir bilimsel yaklaşım olduğunu ortaya koymaktadır.